Space Gun är ett actionfyllt rail shooter-spel i förstapersonsperspektiv. Du måste bekämpa fientliga utomjordingar som har invaderat ett forskningsskepp och tagit besättningen som gisslan. Vissa monster kan bara besegras genom att skjuta av deras lemmar först, medan andra attackerar från luften med mekaniska kanoner. Samtidigt måste spelaren rädda oskyldiga gisslan – men se upp, några kan plötsligt mutera till farliga varelser.

Förutom det snabba standardvapnet finns fyra alternativ: eldkastare, granatkastare, frysbomb och bladbomb, som alla kräver insamlad ammunition. Spelet erbjuder sex till sju banor uppdelade i sektioner, var och en avslutas med en bosskamp. Under spelets gång kan spelaren välja olika rutter genom skeppet, medan korta mellansekvenser driver historien framåt. Strategi är avgörande, eftersom användningen av pedalernas bakåtrörelse ger mer tid men riskerar att förlora värdefull tid på nivån.