Spelet utspelar sig under Japans Edo-period omkring år 1630 i provinsen Ohkami i västra delen av landet, där makten har tagits över av den onde tyrannen Gyokuro. Spelarens mål är att stoppa hans förtryck och återställa fred i provinsen.

The Ninja, ursprungligen utgiven som Ninja Princess i Japan, är ett run-and-gun-spel där spelaren skjuter fiender och besegrar bossar längs vägen. Fienderna består av samurajer, ninjor och hundar. Spelarens standardvapen är obegränsade kastknivar, men power-ups till shuriken finns. Dessutom kan spelaren bli osynlig under en kort tid. De flesta banor scrollar vertikalt, men vissa nivåer varierar spelet, till exempel en nivå där spelaren måste klättra upp för en mur.