Spillet foregår i Japans Edo-periode omkring år 1630 i provinsen Ohkami i den vestlige del af landet, hvor magten er blevet overtaget af den onde tyran Gyokuro. Spillerens mål er at stoppe hans undertrykkende regime og genoprette fred i provinsen.

The Ninja, oprindeligt udgivet som Ninja Princess i Japan, er et run-and-gun-spil, hvor man skyder fjender og besejrer bosser undervejs. Fjenderne består af samuraier, ninjaer og hunde. Spillerens standardvåben er ubegrænsede kastknive, men man kan samle power-ups til shuriken. Desuden kan man kortvarigt blive usynlig. De fleste baner er vertikalt scrollende, men nogle niveauer varierer gameplayet, fx et niveau hvor spilleren skal klatre op ad en mur.