Super Metroid handler om den kvindelige dusørjæger Samus Aran, i hendes jagt på den onde Ridley og hans rumpirater. Spillet er et sidescroling med backtrack hvilket vil sige at du skal tilbage til steder som du nok har været op til flere gange for at komme videre i spillet. Undervejs i spillet opgrader du Samus med en masse nye våben og andre nyttige ting så du kan blive stærkere og får bedre chancer for at komme igennem spillet.