I Populous spiller man som en gud og har ansvar for at vejlede sine folk gennem vejledning, manipulation og guddommelig indgriben. Spilleren kan forme landskabet og udvikle sin civilisation samt styrke sin guddommelige magt, med det overordnede mål at få sine tilhængere til at besejre en fjendtlige styrke ledet af en rivaliserende gud. Spillet ses fra et isometrisk perspektiv på en “bordplade”, hvor kommandoikoner, verdenskort og en måler for spillerens mana vises.

Spillet indeholder 500 niveauer, hvor hver repræsenterer et landområde med både spillerens og fjendens tilhængere. For at komme videre skal man øge antallet af egne tilhængere, så man kan udslette fjendens. Dette sker gennem forskellige guddommelige kræfter. Landskabet kan variere – ørken, lava, sne og is – og dette påvirker både egne og fjendens tilhængeres udvikling.

De mest grundlæggende kræfter er at hæve eller sænke land for at skabe byggeplads eller hindre fjenden. Flere huse giver flere tilhængere, hvilket øger mana. Højere mana giver adgang til flere kræfter, såsom jordskælv, oversvømmelser, sumpe, vulkaner eller forvandle tilhængere til stærkere riddere.