Pokémon Colosseum er et anderledes Pokémon spil. Skurkene i spillet hedder Team Snagem, og er ude på at udnytte pokémon til onde formål. Din opgave er selvfølgelig at forsøge at forhindre dette. Man fanger ikke pokémon, som i et traditionelt pokémon spil, men skal i stedet snuppe dem fra medlemmerne af Team Snagem. Når det lykkes er den stakkels pokémon imidlertid ikke rigtig rask, fordi den er blevet modificeret af Team Snagem. Men også dette problem er du selvfølgelig mand for at klare. Når du har gennemført spillet, er det muligt at overføre dine pokémon til Pokémon Ruby og Sapphire. Spillet indeholder også et battle mode - lidt i stil med Stadium spillene til N64.