Den ondskabsfulde Andross er på banen igen, og det er atter op til Fox McCloud og resten af holdet, at redde universet endnu engang. Du skal hjælpe Fox igennem en masse ting, og du har andet end blot din Arwing til rådighed; både din Landmaster og undervandsbåd er at finde. Du skal besejre den onde Wolf O'Donnell og hans hold, uden at miste en af dine ... Er du parat? Red Lylat System for os alle sammen!