Endnu engang er aberne tilbage men denne gang med mange flere minispil, bosser, og nyerhvervet Wii Remote-styring med en hoppemekanik. Som Aiai, MeeMee, Gongon, Baby og to nye aber, YanYan og Doctor, er det op til dig at redde the Golden Banana. Rejs gennem 100 svære baner og 50 sjove minispil.