Hyrule er blevet forbandet med den såkaldte Twilight. En verden fuld af ondskab. Da Link uheldigvis kommer ind i den, og bliver til en ulv, har han sine problemer at se til, men hans nye hjælpende hånd, Midna, hjælper ham. Link og Midna drager ud på eventyr sammen og prøver at løse gåden om Twilight forbandelsen. Men undervejs bliver Zelda igen kidnappet af den onde Ganondorf, og det er endnu engang op til Link, at stå til at ansigt mod ansigt med Ganondorf, besejre ham og redde Zelda og ikke mindst Hyrule. Brug wiimoten igennem hele spillet. Skyd med pile, slå med sværd, og meget andet undervejs i det store eventyr.